В Кипър са открити находки от неолита (7000-3800 година преди Христа). Едни от първите заселници на острова са микенците и финикийците (1050-600 година преди Христа), а по-късно там се заселват и асирийците, египтяните и персите (700-475 година преди Христа). Последни там се установяват гърците.
През Средновековието там се утвърждават кръстоносците, които завземат острова на 1 юни 1191. Офанзивата е водена от Ричард Лъвското сърце.
През 1271 Кипър е подложен на атака от мамелюците, но те са спрени при Лимасол. По това време владетел на Кипърското кралство е Хюго III, който наследява на трона Хюго II.
На 1 октомври 1960 година Кипър получава независимост от Великобритания. Първият президент на републиката е архиепископът Макариос III (1913-1977), който обединява църковната и светската власт. През 1963-1964 година настъпват размирици, организирани от гръцки националисти. През 1964 година в страната са разположени базите на умиротворителните войски на ООН, чиято мисия продължава до днес. На 20 юли 1974 година турските войски предприемат десант, след прогръцкия преврат, организиран от режима на полковниците с цел присъединяване към Гърция и така стъпват на северното крайбрежие на острова. Те завземат около една трета от острова и окупират северната му част. През 1983 година в окупираната от турците част на острова предводителят на турските кипърци Рауф Денкташ основава Севернокипърска турска република.
До 1960 година островът е колония на Великобритания, след което получава независимост. Все още на острова се намират две действащи военни бази под юрисдикцията на Обединеното кралство.
През 1974 година след кратък период на насилие между гърци и турци, близо една трета от острова е окупирана от турски войски по силата на Гаранционния договор от 1960 година Хиляди кипърски гърци са принудени да избягат за една нощ от домовете си на юг, губят цялото си имущество и никога повече не се завръщат в домовете си. Създадена е Севернокипърската турска република. Окупираните територии са разделени чрез „зелена линия“, дълга 180 километра и охранявана от войски на Организацията на обединените нации. Тази граница минава през столицата Никозия, която е последната разделена столица в света след падането на Берлинската стена. През 2007 година части от границата са разрушени откъм южната ѝ половина.
Кипър е населен още от зората на човешката цивилизация. Владян е от Рим, древна Гърция, Египет, Османската империя, Венеция в различните периоди от своята история. Влиянието на тези култури може да се наблюдава върху намерените артефакти и произведения на изкуството. Островът е изключително богат на исторически забележителности — замъкът на Пафос, разкопките на комплекс от древни вили, Гробниците на Кралете, християнски базилики, древни езически храмове, укрепления и неолитни поселища.
