Нострадамус е роден на 14 или 21 декември 1503 г. в малък провинциален град във Франция (Saint-Rémy-de-Provence). Мишел дьо Нострадам е едно от деветте деца на Рейниер дьо Сен-Реми (Reynière de St-Rémy) и търговеца на зърно и нотариус Жом дьо Нострадам (Jaume de Nostredame). Семейството на баща му е от еврейски произход, но дядото по бащина линия Guy Gassonet приема католицизма през 1455 г., получавайки християнското име Пиер и фамилията Нострадам (по всяка вероятност от деня на светеца, на който е кръстен). Прапрадядото по майчина линия Жан дьо Сен-Реми (Jean de St. Rémy) изчезва от историческите записи след 1504 г., когато малкият Мишел е само на една година.
Студентски години
На петнадесетгодишна възраст младият Нострадамус влиза в университета в Авиньон. След по-малко от година, по време на която изучава граматика, реторика и логика, е принуден да напусне Авиньон, защото университетът затваря врати поради заплахата от чумна епидемия. След като напуска Авиньон, Нострадамус (по собствени думи) пътува из страната в продължение на осем години, като от 1521 г. изучава лечение с билки. През 1529 г., след като е работил няколко години като аптекар, започва обучение по медицина в университета на Монпелие. Малко след това е отстранен, след като е открито, че е работел като аптекар, което е било изрично забранено от университетската управа. Документът за отстраняване още съществува в библиотеката на факултета. Въпреки това издатели и кореспонденти по-късно ще го наричат „доктор“. След отстраняването Нострадамус продължава да работи, вероятно като аптекар, и става известен със създаването на своето „розово хапче“, за което се предполагало, че предпазва от чума.