Вместо PCR – защо не ползваме позната технология, която не отстъпва и може да е по-евтина?

Технологията LAMP (loop-mediated isothermal amplification) – по-евтина ли е от PCR?

Според публикация в Журнала на Американската медицинска асоциация (JAMA), тази технология е толкова достоверна за откриване на вирусно РНК от SARS-CoV-2, колкото е PCR. Изрично в публикацията е посочено, че приложението на технологията не изисква скъпа апаратура или специализирани реактиви.

Пред Actualno.com Кремена Месечкова, изпълнителен директор на лаборатория "Геника", потвърди това – че апаратурата за LAMP е несравнимо по-евтина спрямо тази за PCR, в рамките на до 50 пъти. Реактивите за тестове обаче не се различават като цена при LAMP и PCR, а именно това е основната "суровина". Отделно стоят и други въпроси – дали съответната лаборатория има експертизата да работи с тази технология (както и с PCR), дали дистрибуторът, с който работи (български филиал на чуждестранна компания) предлага необходимите реактиви за LAMP тестове или основният асортимент е PCR. Съответно, г-жа Месечкова не смята, че в България ще е по-евтино да се ползва LAMP, предвид, че вече е закупена апаратура за PCR диагностика, надвишаваща в пъти необходимостта от тестове. За съжаление на този етап вече е късно за внедряване на конкретен диагностичен алгоритъм с цел редукция на цена на тест или оптимизация и консолидация на процеса.

LAMP – какво представлява

Технологията е подобна на PCR. Тя спада към категория NAAT (Nucleic Acid Amplification Test) тестове, която обобщава няколко вида амлификационни молекулярно-диагностични методи за детекция на генетичен материал.

Всички разновидности на NAATs за SARS-CoV-2 специфично идентифицират последователностите на РНК (рибонуклеинова киселина), които съдържат генетичния материал на вируса. Този вид технологии извършват лабораторно намножаване на изолирания геном на съответния вирус, ако същия присъства се пациентската проба. Възможността за създаване на стотици копия генетични фрагменти само от единични вирусни находки в пациентската проба прави всички NAATметоди много по-чувствителни, сравнено с антигенен тест.

От началото на пандемията COVID-19, броят и видовете NAAT за откриване на SARS-CoV-2, разрешени за употреба от Американската администрация по храните и лекарствата (FDA) включват RT-PCR, TMA, LAMP и още няколко вида амлификационни генетични техники, като техният брой непрекъснато се увеличава.

Каква е разликата между LAMP и PCR?

PCR извършва амплификация при вариращи температурни условия през много кратки секундни интервали от време, което предполага използване на специализирана, високочувствителна и лабораторно позиционирана апаратура. Обичайно времето необходимо за възпроизводство на достатъчно генетични фрагменти от единица изходен биологичен материал е около 1-2 часа.

При LAMP амплификацията на вирусния геном се извършва на една конкретна температура, като за целите методиката изисква единствено наличието на топлинен източник, като най-често се използва термостат. Извършването на процеса при постоянни температурни условия, позволява получаване на резултат за 25-30 минути. Разновидността на термостатите варира от портативни до професионални формати с капацитет на пробообработка от една до стотици проби за 30 минути.

В сравнение с PCR, LAMP методът предлага съизмерима чувствителност, като предимството тук е, че за много по-кратко време могат да бъдат анализирани голям брой проби, без необходимост от скъпоструваща апаратура, казва г-жа Месечкова.

В много държави, които се отличават с по-развита медицинска инфраструктура, различни NAAT технологии, в това число и LAMP се прилагат успоредно с PCR диагностиката, сподели г-жа Месечкова. Франция приложи LAMP още на първия месец от старта на пандемията, уточни тя.

Къде сме ние?

По думите на г-жа Месечкова, в България преди пандемията звената, предлагащи геномна диагностика, са били изключително малко, като лаборатория "Геника" и Националната генетична лаборатория, като специализирани генетични лаборатории са се отличавали с най-развита база и са извършвали над 90% от всички геномни тестове в страната.

България посрещна пандемията с дефицит от обучени специалисти за геномна диагностика. Много лаборатории до този момент не бяха наясно какво представлява PCR диагностиката и тепърва се обучаваха и внедряваха подобна методика. Това обяснява защо и до този момент алтернативни на PCR методики като LAMP, TMA и други остават нови термини за повечето лаборатории - така г-жа Месечкова описва колко назад е била България като експертиза в NAAT техниките.

На въпрос дали здравното министерство или друга държавна институция е правила среща със специалисти по геномна медицина относно това кое е най-добре по отношение на технологията за тестване на КОВИД – като съчетание на качество от прецизност и цена, краткият отговор е: "Не ми е известно".

"Техническа обезпеченост можеше да се постигне по много начини. Налични са напълно автоматични платформи за диагностика на вирусен геном с капацитет от 1800 теста за 8 часа. Реално два такива апарата можеха да обезпечат нуждата от PCR тестове за България, изхождайки от статистиката. Фокусът на държавата обаче беше много различен и лабораториите започнаха да извършват тестовете по избран от тях протокол, цена, срок на изпълнение и т.н.", каза г-жа Месечкова.

Тя засегна и още един проблем – защо слюнката не се ползва като проба за тестване на КОВИД? В повечето развити държави това е предпочитана алтернатива на назофарингеалната проба. По думите ѝ, няма никаква принципна разлика между слюнка и назофарингиална проба от гледна точка чувствителност, специфичност, надеждност и валидност на теста. Въпреки това, към днешна дата в България слюнката като проба се ползва извънредно малко що се отнася до PCR технология.